デジタル放送にコピーワンスがかかる前からMurdocCutterを利用してたのだけど、GOPスキャンが遅いしUIが非常にわかりにくい。で、何かないかなとぐぐってみたらHDTVtoMPEG2というフリーソフトを発見。残したいところと残さないところの分岐点ごとにマーカを打ち込む方法でカット編集が可能。スキャン速度も早い。
HDTVtoMPEG2
http://www.free-codecs.com/HDTVtoMPEG2_download.htm
このソフトでの書き出しはTSのままにしたほうがよさそう。MPEG2形式にもできるけど、MediaPlayerClassicでの再生が倍速とかおかしなことになってたので。