ffmpegとiPod Classicの相性問題

ffmpegで時間指定して先頭の不要部分を切り取ったm4aファイルをプレイリストに入れると、iPod Classic再生時にスキップされてしまう(先読みに失敗してる感じ。再生できてないのに再生回数はカウントされてしまう)。その曲から再生を始める場合は問題なく再生できる。
かなりの高確率で発生するが原因不明なので対策しようがない。もちろん再エンコードなんて絶対したくないし、iPodで再生範囲を指定するのは汎用性がなく容量を浪費するのでやりたくない。
ほんまに困る。